Phương pháp đo lường tiến trình lên men được thực hiện dựa trên cơ sở của phản ứng tổng quát :
Cơ chất + Dưỡng chất + Oxy → Sinh khối + Sản phẩm + CO2 + Nhiệt
Nếu ta đo lường và theo dõi được sự biến thiên của một trong các thông số trên, ta có thể theo dõi được tiến trình lên men. Dựa vào thông số sử dụng, người ta chia làm hai nhóm là theo dõi trực tiếp và theo dõi gián tiếp.
Phương pháp trực tiếp
Trong phương pháp trực tiếp, người ta đo lường và theo dõi hàm lượng sinh khối. Thông số này có thể đo được bằng các phương pháp đo khối lượng, thể tích, hay đếm số lượng.
Phương pháp gián tiếp
Khi người ta sử dụng một thông số khác, như hàm lượng dưỡng chất hay sản phẩm, để đo lường và theo dõi tiến trình lên men thì đó là phương pháp gián tiếp. Các thông số đó có thể xác định bằng cách phân tích hóa học, đo các đại lượng vật lý có liên quan (như độ nhớt, độ dẫn điện), hoặc dùng các loại cảm biến chuyên dụng.